PB-IBENS

FINSURF (Functional Identification of Non-coding Sequences Using Random Forests) is a tool designed to analyse lists of sequences variants in the human genome.
It assigns a score to each variant, reflecting its functional importance and therefore its likelihood to disrupt the physiology of its carrier. FINSURF scores Single Nucleotide Variants (SNV), insertions and deletions. Among SNVs, transitions and transversions are treated separately. Insertions are characterised by a score given to each base flanking the insertion point. Deletions are characterised by a score at every deleted base. FINSURF can (optionally) use a list of known or suspected disease genes, in order to restrict results to variants overlapping cis-regulatory elements linked to these genes.

For a variant of interest, users can generate a graphical representation of "feature contributions », showing the relative contributions of genomic, functional or evolutionary information to its score.

Genomicus is a genome browser that enables users to navigate in genomes in several dimensions: linearly along chromosome axes, transversaly across different species, and chronologicaly along evolutionary time.

Genomicus-fungi is a genome browser that enables users to navigate in fungi genomes in several dimensions: linearly along chromosome axes, transversaly across different species, and chronologicaly along evolutionary time.

Genomicus-metazoa is a genome browser that enables users to navigate in metazoa genomes in several dimensions: linearly along chromosome axes, transversaly across different species, and chronologicaly along evolutionary time.

Genomicus-Plants is a genome browser that enables users to navigate in plants genomes in several dimensions: linearly along chromosome axes, transversaly across different species, and chronologicaly along evolutionary time.

Genomicus-protists is a genome browser that enables users to navigate in protists genomes in several dimensions: linearly along chromosome axes, transversaly across different species, and chronologicaly along evolutionary time.

• Biologie
• Informatique

The Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) is a facility of the Institut de Biologie de l’ENS (IBENS). It defines, develops and deploys the hardware and software resources that meet the specific bioinformatics needs of researchers. It is responsible for the maintenance and deployment of the computing cluster “BioClust” accessible to all partners of the LABEX Memolife (IBENS, ESPCI, Collège de France). PB-IBENS also maintains and supports online tools (web and database servers) developed by the IBENS teams, some of which are labeled by the European Infrastructure Elixir. It is involved in bioinformatics training at the ENS, organises seminars and participates to external courses.

• Phylogeny
• Programming Languages & Computer Sciences
• Paleogenomics and ancestral genomes
• High performance computing
• Graphical analysis
• Comparative genomics

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en deux séquences :
- une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB
- une journée de session pratique avec 1 atelier snakemake et 1 atelier nextflow en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en deux séquences :
- une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB
- une journée de session pratique avec 1 atelier snakemake et 1 atelier nextflow en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.

L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec iPOP-UP (représenté par EDC) une formation sur les langages de workflows en bioinformatique à destination des bioinformaticien·ne·s et des bioanalystes. La formation abordera les fondamentaux et les fonctionnalités avancées des deux langages Snakemake et Nextflow. Ces outils sont en effet devenus indispensables pour assurer la reproductibilité et l’efficacité des analyses bioinformatiques. La formation sera structurée en deux séquences :
- une journée commune qui abordera les grands principes des gestionnaires de workflow, en particulier dans le domaine de la bioinformatique et en lien avec les infrastructures de calcul de type cluster et cloud proposés au sein de l’IFB
- une journée de session pratique avec 1 atelier snakemake et 1 atelier nextflow en parallèle au choix des participants. Nous proposons aux participants qui le souhaitent de travailler sur leur propre workflow dans une approche “Bring your own script” avec l’aide de l’équipe pédagogique.